MDpocket: open-source cavity detection and characterization on molecular dynamics trajectories

نویسندگان
چکیده

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

MDpocket: open-source cavity detection and characterization on molecular dynamics trajectories

MOTIVATION A variety of pocket detection algorithms are now freely or commercially available to the scientific community for the analysis of static protein structures. However, since proteins are dynamic entities, enhancing the capabilities of these programs for the straightforward detection and characterization of cavities taking into account protein conformational ensembles should be valuable...

متن کامل

Nonadiabatic Molecular Dynamics Based on Trajectories

Performing molecular dynamics in electronically excited states requires the inclusion of nonadiabatic effects to properly describe phenomena beyond the Born-Oppenheimer approximation. This article provides a survey of selected nonadiabatic methods based on quantum or classical trajectories. Among these techniques, trajectory surface hopping constitutes an interesting compromise between accuracy...

متن کامل

Sequential Change Point Detection in Molecular Dynamics Trajectories

Motivated from a molecular dynamics context we propose a sequential change point detection algorithm for vector-valued autoregressive models based on Bayesian model selection. The algorithm does not rely on any sampling procedure or assumptions underlying the dynamics of the transitions, and is designed to cope with high dimensional data. We show the applicability of the algorithm on a time ser...

متن کامل

the study of bright and surface discrete cavity solitons dynamics in saturable nonlinear media

امروزه سالیتون ها بعنوان امواج جایگزیده ای که تحت شرایط خاص بدون تغییر شکل در محیط منتشر می-شوند، زمینه مطالعات گسترده ای در حوزه اپتیک غیرخطی هستند. در این راستا توجه به پدیده پراش گسسته، که بعنوان عامل پهن شدگی باریکه نوری در آرایه ای از موجبرهای جفت شده، ظاهر می گردد، ضروری است، زیرا سالیتون های گسسته از خنثی شدن پراش گسسته در این سیستم ها بوسیله عوامل غیرخطی بوجود می آیند. گسستگی سیستم عامل...

Dynamics of Open Source Movements

This paper considers a dynamic model of the evolution of open source software projects, focusing on the evolution of quality, contributing programmers, and users who contribute customer support to other users. Programmers who have used open source software are motivated by reciprocal altruism to publish their own improvements. The evolution of the open-source project depends on the form of the ...

متن کامل

ذخیره در منابع من


  با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ژورنال

عنوان ژورنال: Bioinformatics

سال: 2011

ISSN: 1460-2059,1367-4803

DOI: 10.1093/bioinformatics/btr550